В 2006 году Институт провел 44 экспедиции общей продолжительностью 558 суток. В рейсах приняло участие 498 научных сотрудников и представителей 58 организаций девяти министерств и ведомств России: РАН, Росгидромет, Минтранс России, Минсельхоз России, Минобрнауки России, Минкультуры России, МГУ, МЧС России и МПР. В экспедициях принимали участие иностранные ученые из семи университетов и институтов Германии, Испании, Португалии, Бельгии и Польши.

Успешная научная экспедиционная деятельность судов основана на сочетании коммерческой и научной деятельности. Наличие фрахтов создает финансовую основу проекта. Фрахтователи оплачивают ремонты, содержание, снабжение судов, обеспечивают выплату зарплаты и оплату питания экипажей практически на протяжении всего года. Кроме того, они оплачивают переходы судна к месту проведения научных работ и обратно. В рамках проекта «Меридиан-плюс» ФЦП «Мировой океан» проводится финансирование только судосуток научных рейсов. Участие научных сотрудников проводится за счет их грантов. Такая система финансирования научных рейсов позволила сократить расходы на проведение экспедиций в 3 – 5 раз, в зависимости от района исследований по сравнению с традиционным способом организации рейсов из портов России и возвращением обратно. За счет финансирования по этому проекту в 2006 г. оплачено 109 суток (19.5%) научных экспедиций.

Помимо проекта «Меридиан-плюс» ФЦП «Мировой океан» Институт продолжал наращивать активную экспедиционную деятельность на хоздоговорной основе. Основными заказчиками работ здесь были МЧС России, ООО «ЛУКОЙЛ-Калининградморнефтегаз», ООО «ЦентрКаспнефтегаз». Финансирование по хоздоговорной тематике обеспечило 276 судосуток (49.5%) научных экспедиций. Финансирование РАН дало возможность провести в море судам ИО РАН 137 суток (24.5%). На деньги Миннауки выполнено 24 суток (4.3%) морских экспедиций, а за счет средств РФФИ – 12 суток (2.2%).