Основной задачей ИО РАН является комплексное изучение Мирового океана и морей России на основе представления о единстве происходящих в них физических, химических, биологических и геологических процессов, создание научных основ прогнозирования изменчивости климата Земли, рационального использования морских ресурсов и обеспечения экологической безопасности в интересах устойчивого развития человечества.

Целью и предметом деятельности Института является выполнение фундаментальных научных исследований и прикладных разработок в области океанологии с использованием научно-исследовательского флота, воздушных судов, подводных и космических аппаратов и других технических средств.