Институт океанологии был создан 31 января 1946 года постановлением Президиума Академии наук СССР, которое предписывало «проведение исследований океана и морей на базе представления о единстве происходящих в морях и океанах физических, химических, биологических и геологических процессов». Постановление было подписано президентом АН СССР С.И. Вавиловым и подготовлено академиком П.П. Ширшовым и профессором В.Г. Богоровым.
Первым директором Института океанологии стал академик П.П. Ширшов. Вместе с ним активное участие в создании и становлении нового научного центра приняли известные ученые Л.А. Зенкевич, В.Г. Богоров, С.В. Бруевич, А.Д. Добровольский, П.Л. Безруков, И.Д. Папанин, В.Б. Штокман и др.
Подробнее: История Института океанологии