Лаборатория морских течений, основанная в 1988 г., находится в ряду нескольких лабораторий ИО РАН, развивающих исследования океана по направлениям, заложенным еще в 1940-1960-х гг. выдающимся физиком-океанологом, одним из основоположников ИО РАН профессором В.Б. Штокманом.
С 1988 по 2005 год Лабораторией заведовал прямой ученик В.Б. Штокмана профессор М.Н. Кошляков, заслуженный деятель науки России, один из авторов открытия синоптических вихрей открытого океана - события, кардинально изменившего представления океанологов о структуре и динамике океанской циркуляции, лауреат премии им. адмирала С.О. Макарова за исследования океанских вихрей.
С 2005 года лабораторию возглавляет профессор Жмур Владимир Владимирович.
Практически сразу после основания Лаборатории главным объектом ее исследований стал Южный океан (Антарктика), его течения, фронты, водные массы, льды, тепловое взаимодействие с атмосферой. В 1992 г. в рамках беспрецедентной по размаху работ международной программы WOCE (World Ocean Circulation Experiment) Лаборатория провела крупную экспедицию в Антарктике, приведшую к открытию тихоокеанской ячейки Глобального океанского конвейера - вертикального компонента океанской циркуляции, связывающего течения в верхнем слое океана и абиссали.
