В 2017 году с отличием окончила кафедру Геоморфологии и палеогеографии Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова. В том же году поступила в аспирантуру в НИЛ новейших отложений и палеогеографии плейстоцена Географического факультета МГУ имени М.В. Ломоносова. В 2020 году окончила аспирантуру. В 2021 г. защитила кандидатскую диссертацию по специальности «Геоморфология и эволюционная география» на тему «Палеогеографические условия развития Белого моря в голоцене (по данным диатомового анализа)» под руководством д.г.н. Е.И. Поляковой.

В Институте океанологии им. П.П. Ширшова Российской Академии Наук работает с 2014 года в качестве инженера, ведущего инженера, младшего научного сотрудника, а с июня 2023 года – научного сотрудника.

Опубликовала 38 научных работ, в том числе 10 в рецензируемых изданиях.

Научные интересы:

• Микропалеонтология (диатомовый анализ)
• Послеледниковая история развития Арктических шельфовых морей
• Методика палеогеографических реконструкций в Арктике

Основные публикации:

• Agafonova E., Novichkova E., Novigatsky A., Kravchishina M., Klyuvitkin A., Bulokhov A. Diatom and Dinocyst Production, Composition and Flux from the Annual Cycle Sediment Trap Study in the Barents Sea // Geosciences. Vol. 13(1):1. doi:10.3390/geosciences13010001
• Клювиткина Т.С., Агафонова Е.А., Новичкова Е.А., Лозинская Л.А., Чеховская М.П., Матуль А.Г., Кравчишина М.Д. Условия осадконакопления в районе хребта Книповича (Норвежское море) в голоцене по данным анализа микрофоссилий // Вестник Московского университета. Серия 5: География. 2023. № 6.
• Polyakova Y., Agafonova E., Novichkova E., de Vernal A. Holocene Paleoenvironmental Implications of Diatom, Non-Pollen Palynomorph, and Organic Carbon Records from the Kandalaksha Bay of the White Sea (European Arctic) // Geosciences. 2023. Vol. 13(2):56. doi:10.3390/geosciences13020056
• Agafonova E., Polyakova Ye., Novichkova Ye. The diatom response to Postglacial environments in the White Sea, the European Arctic // Marine Micropaleontology. Vol. 161. 101927. doi:10.1016/j.marmicro.2020.101927
• АгафоноваЕ.А., Полякова Е. И. Палеогеографические события в Двинском заливе Белого моря в послеледниковое время // Вестник Московского университета. Серия 5: География. 2020. №  С. 73–78. ISSN 0579-9414.
• АгафоноваЕ.А., Полякова Е. И., Романенко Ф. А. Диатомовые водоросли в голоценовых отложениях Терского берега Белого моря в связи с историей его развития в послеледниковое время // Арктика и Антарктика. 2020. №  С. 1–16. doi: 10.7256/2453-8922.2020.2.32632.
• АгафоноваЕ.А., Полякова Е. И., Барымова А. А. Диатомовые ассоциации из голоценовых отложений Кандалакшского залива Белого моря (Ругозерская губа) // Естественные и технические науки. 2020. Т. 146, №  С. 103–109.  doi: 10.25633/ETN.2020.08.10.
• АгафоноваЕ.А., Полякова Е. И. Диатомеи в голоценовых отложениях Двинского залива Белого моря как индикаторы палеоокеанологических событий событий // Вопросы современной альгологии (Issues of modern algology). №2 . С. 197–200