Сергей Сергеевич Войт родился 12 октября 1920 г. в г. Москве в семье служащего. В 1938 г. окончил школу и поступил на механико-математический факультет МГУ.

В августе 1941 г. был мобилизован в Советскую армию. С июля 1942 по май 1943 г. воевал на Воронежском, затем на Калининском фронте. За участие в боях на Калининском фронте награжден орденом «Красной звезды». С мая по сентябрь 1943 г. воевал на Брянском и Центральном фронтах, участвовал в боях на Курской дуге. В сентябре 1943 г. попал в плен и лагеря. В 1944 г. бежал в партизанский отряд им. Зеленина бригады им. Ленина, где пробыл до соединения с Советской армией в сентябре 1944 г. С декабря 1944 г. служил командиром батареи в 63 Гвардейской артиллерийской бригаде, в составе которой участвовал в боях на 3-м и 2-м Украинском фронтах в Венгрии, Австрии и Чехословакии. За участие в боях за Вену в 1945 г. награжден орденом «Красной звезды» и медалями «За взятие Вены» и «За победу над Германией». 31 декабря 1945 г. демобилизован из рядов Советской армии для продолжения учебы в МГУ, куда вновь поступил на 3-й курс 15 января 1946 г.

В 1948 г. окончил механико-математический факультет МГУ с отличием. Свою дипломную работу С.С. Войт делал в гидродинамической лаборатории ЦАГИ им. Жуковского, где работал по совместительству в должности старшего механика, а затем в должности инженера. В октябре 1948 г. поступил в аспирантуру МГУ в НИИ механики на кафедру гидродинамики, которую закончил досрочно и в июле 1951 г. защитил кандидатскую диссертацию.

В 1951 г. успешно окончил аспирантуру и защитил кандидатскую диссертацию на тему: «Распространение начальных возмущений в вязком газе».

С этого же года работал в Морском гидрофизическом институте где занимал должность младшего научного сотрудника, с ноября 1953 г. – старшего научного сотрудника, а с марта 1961 г. – заместителя директора Института по научной работе.

С 1956 г. начал преподавательскую работу в Московском физико-техническом институте, где работал вначале в должности доцента, а с 1966 г. – профессора и заведующего кафедрой термогидромеханики океана. В 1964 г. защитил докторскую диссертацию «Исследование по линейной теории волн в жидкости».

С 1965 по 1987 гг. по совместительству заведовал Кабинетом теории волн в Институте океанологии им. П.П. Ширшова.

С.С. Войт участвовал в 4-х морских экспедициях на НИС «Михаил Ломоносов», из них дважды был начальником экспедиции.

В 1964 г. С.С. Войт защитил докторскую диссертацию и через год был избран на должность профессора МФТИ.

В 1966 г. в МФТИ при активном участии С.С. Войта была официально открыта кафедра термогидромеханики океана, бессменным заведующим которой он являлся в течение 21 года, вплоть до своей кончины в 1987 г. За время управления кафедрой С.С. Войтом кафедру закончили около 300 человек. В МФТИ С.С. Войт читал факультетский курс лекций по механике сплошных сред и теории волн, являлся заместителем декана Аэромеханического факультета и руководителем аспирантуры. Одновременно с работой в МФТИ С.С. Войт работал по совместительству старшим научным сотрудником Института океанологии им. П.П. Ширшова АН СССР, где заведовал кабинетом теории морских волн.

В 1970 году стал лауреатом Государственной премии СССР в области науки - за экспериментальные и теоретические исследования течения Ломоносова и системы пограничных течений тропической Атлантики, в составе авторского коллектива.

Широко известны его теоретические исследования по различным проблемам морской гидродинамики. Он внес фундаментальный вклад в постановку и решение проблемы влияния силы Кориолиса на динамику океанских волн. Наряду с исследованием периодических движений, таких как приливные волны, он одним из первых в мировой литературе исследовал значительно более сложные неустановившиеся процессы в океанах. В этой области им дан глубокий анализ разнообразных и важных для практики явлений, таких как влияние топографии дна на волны в море, возникновение волн от перемещающихся атмосферных возмущений, генерация внутренних волн, распространение волн цунами, выход неустановившихся волн на шельф, отражение и дифракция волн и др. Им были впервые определены краевые волновые эффекты в океане, связанные с вращением Земли, обнаружены и исследованы специфические краевые волны, впоследствии названные Кельвиновскими волнами. Результаты этих исследований находят непосредственную связь с материалами океанографических наблюдений. В своей научной деятельности он активно участвовал в разработке методов предвычисления и предсказания волн цунами для обеспечения безопасности Курило-Камчатского побережья. Его работы по генерации цунами и возникновению упругих волн в дне океана позволили приблизиться к практическому решению задачи предсказания цунами и защиты от цунами. Он возглавил работу специальной комиссии, созданной для решения вопроса о защите поселка Усть-Камчатского от волн цунами.

Являясь глубоким теоретиком, он проявлял большой интерес к натурным наблюдениям в океане, неоднократно участвовал в морских экспедициях. В 14-м рейсе НИС «Михаил Ломоносов» разработал и возглавил широкий комплекс гидрологических наблюдений, позволивших определить положение оси максимальных скоростей течений Ломоносова и дать оценку средних значений ширины и расхода этого течения. За эти исследования в 1970 г. авторскому коллективу, в состав которого он входил, была присуждена Государственная премия СССР (1970). Вел большую организаторскую работу, являясь членом ряда международных научных комитетов. В 1979 г. он был избран вице-президентом комиссии по цунами Международного геофизического и геодезического союза.

Являясь членом редколлегии журнала «Физика атмосферы и океана», членом четырех ученых советов ИО АН СССР и МФТИ, научно-исследовательскую работу сочетал с обширной педагогической деятельностью. Созданная и руководимая им кафедра термогидромеханики океана Московского физико-технического института выпустила за время своего существования более 200 высококвалифицированных специалистов-океанологов.

В 1981 г. за достигнутые им успехи в подготовке высококвалифицированных кадров и научно-исследовательской работе ему было присвоено почетное звание «Заслуженный деятель науки РСФСР».

Автор более 100 научных работ.